山西中医药大学中医药博物馆位于我校南门西侧，于2015年9月正式落成并对外开放。2016年12月，国家中医药管理局授予“全国中医药文化宣传教育基地”；2018年12月，山西省科学技术厅授予“山西省科普基地”；2019年12月，山西省社会科学界联合会授予“山西省社会科学普及宣传基地”。博物馆建筑面积共4160 ㎡，设计布展总面积3000 ㎡，其中共享大厅110 ㎡，中医药史馆780 ㎡，中药标本馆860 ㎡，器物馆和典籍馆1250 ㎡。
中医药史馆
中医药史馆由五个展厅组成，分别为：远古至春秋战国时期、秦汉魏晋南北朝时期、隋唐宋辽金元时期、明清时期、民国时期。收藏有明万历版《疡医准绳》、清傅山款医学册页、清同治二年瑞祥仁刻本《傅青主男科》、文光堂刻本和松盛堂刻本《珍珠囊药性赋》、清嘉庆二年（1797年）浣月斋刻本《景岳新方八阵汤头歌括》、明国时期“山西中医改进研究会”发行的近代山西第1份中医学术期刊《医学杂志》等珍贵善本医籍358种863册，历代医药文物402件（组）。
在中医药文化科普宣传方面，由山西省委宣传部、山西省中医药管理局、孝义市政府支持，山西中医药大学主办，将承载约600种中药知识的古典科普戏剧作品《药会图》重新搬上历史舞台，该剧将中医药文化和国家非物质文化遗产皮影戏和碗碗腔融合，让散佚民间，流传海外的《药会图》得以重现，具有极高的艺术和文化价值，探索了一条传统文化和中医药文化融合发展的有效途径。
标本馆
标本馆共收藏中药标本17700份。是我省的中药材标本展示中心，同时也是我省中药材相关科普、教学、培训和科研的重要平台和基地。馆内共分为三个展厅，分别是：药用植物标本展厅，山西道地药材展厅，中药材样本展厅。
（1）药用植物标本展厅：收集全国第四次中药资源普查山西省40个试点县采集的药用植物蜡叶标本147科，1600种，16000份；其中展示药用植物腊叶标本700份。收集展示药用植物浸液标本274种。
（2）山西道地药材展厅：重点收集展示山西道地大宗中药材黄芪、党参、连翘、柴胡、远志、黄芩、酸枣仁、山核桃、苦杏仁、地黄、山楂、苦参等品种。
（3）中药材样本展厅：收集展示根茎类、花叶全草类、种子果实类、皮木树脂类、菌藻类、动物类、矿物类、其他类中药材、中药饮片1435种。建立贵细中药材、矿物类中药材、茎木皮类中药材、花类中药材、动物类中药材等专柜专区13个。
博物馆总是处在一个不断建设和完善的过程中。为了深入挖掘、合理利用好博物馆，更好地发挥博物馆的教育功能，将博物馆的文化资源与学校的教育资源更紧密、更深入地结合起来，以有利于中医药教学、有利于科学研究、有利于传承展示中医药传统文化的目的。我校博物馆与社会相关机构、部门结对共建，共谋发展，实现公共资源的有效整合、共建共享体系。
中医药博物馆作为特殊的历史文化载体，它既弘扬与传承中医药文化，展现山西中医药特色，同时又存储着我校的建校文化，承载着我校的精神文明建设。自建成以来，对外展出活动频繁，目前正以多种功能积极为社会、学校服务。